《社內處刑人~她要消滅敵人~》以充斥職場騷擾的公司為舞臺，講述派遣攝影師淺見ほのか長期忍受前輩壓迫。與新人深瀬のぞみ結為摯友后，生活漸顯光明。然而騷擾者突遭社內事件離職后，詭異事端接連爆發。追查真相的過程中，兩人發現公司內部存在代號“人事院”的秘密組織——該機構以非法手段制裁加害者，卻掩蓋著更深層的權力腐敗。為揭露黑幕，淺見與深瀬展開殊死對抗，在清算職場暴力的同時直面自我救贖。最終，隨著核心成員的倒戈與制度崩塌，“人事院”徹底瓦解，二人將殘存的處刑機制轉化為維護職場正義的革新力量。