在某個時間點的日本，突然出現了文學書全部被染黑的怪異現象。這是由書中帶著負面情緒誕生的“侵蝕者”所導致的災難。被侵蝕的文學書，會逐漸地從人們記憶中消失，最后變得像是從一開始便不曾存在過一樣。于是，有特殊能力的“煉金術師”作為特務司書被派遣至圖書館，為了對抗破壞書中世界的“侵蝕者”、為了守護文學，與轉世的文豪們一起戰斗。