蝙蝠俠與史酷比團隊意外聯(lián)手，共同對抗來自DC宇宙和神秘機器世界的反派聯(lián)盟。當企鵝人、謎語人與機械反派史派克通過量子裝置將高譚市與動畫小鎮(zhèn)融合成虛實交織的混沌空間時，布魯斯·韋恩發(fā)現(xiàn)常規(guī)手段無法破解這個被巨型全息屏障籠罩的異變都市。史酷比與伙伴們因誤食魔法能量餅干獲得短暫超能力，意外觸發(fā)量子裝置的坐標偏移功能。雙方英雄在爭奪核心控制器的過程中經(jīng)歷多次誤會導致的沖突，最終發(fā)現(xiàn)史派克才是操縱所有反派制造混亂以竊取跨維度能源的幕后黑手。在鐘樓決戰(zhàn)中，蝙蝠俠用聲波干擾裝置破壞史派克的能量矩陣，史酷比團隊則通過誤導性追逐戰(zhàn)將反派引入量子陷阱，成功使兩個世界完成分離重組。