雨果（劉校妤配音）因與父親爭吵離家出走，來到神秘世界尋找好友啦啦（孟泉霖配音）和熊大叔（陸揆配音），三人重逢后意外卷入鼠族首領番薯（林強配音）的陰謀。番薯企圖通過控制水資源奴役所有族群，其子米粒（楊天翔配音）因反對父親暴行而暗中協助雨果一行，共同踏上尋找水源頭的冒險。眾人在旅途中屢次遭遇鼠族爪牙襲擊，并發現番薯早已利用古老機關封鎖水源，最終在米粒的自我犧牲下成功摧毀控制裝置。隨著水脈恢復流動，番薯的統治徹底瓦解，神秘世界重歸平衡，雨果也帶著新的成長與啦啦等人告別返回現實世界。