在都市突然消失的異變中，運(yùn)輸員拓也與唯一幸存者小雪因神秘訊號(hào)展開旅程。通過(guò)小雪研究"方舟"項(xiàng)目父親留下的坐標(biāo)信息，兩人穿越荒蕪地帶接近事件核心。途中遭遇的神秘組織不僅掌握著都市消失的真相，更揭示了小雪父親參與研發(fā)的"方舟"裝置可能引發(fā)時(shí)空扭曲的關(guān)鍵線索。隨著拓也逐步解開小雪失憶之謎，發(fā)現(xiàn)其父為阻止裝置暴走而啟動(dòng)自毀程序的抉擇。當(dāng)兩人抵達(dá)都市消失原點(diǎn)時(shí)，面對(duì)組織企圖重啟"方舟"引發(fā)更大災(zāi)難的陰謀，在最后對(duì)抗中不得不做出犧牲重要記憶的抉擇。這場(chǎng)跨越時(shí)空維度的救援行動(dòng)，最終以都市數(shù)據(jù)化消散與關(guān)鍵人物意識(shí)融合為代價(jià)達(dá)成平衡。