在鬧市區的后巷中，平凡高中生藤島鳴海（松岡禎丞配音）目睹了一樁突發事件。不日，他被同班同學彩夏帶去了她打工的“花丸拉面店”，在這里，他居然又遇到了當天那三個“可疑人物”——柏青哥高手阿哲、“軍事宅男”少校以及相貌俊美的宏哥，三人自稱為“尼特族偵探”。就在鳴海一頭霧水時，他陰錯陽差地來到了“NEET偵探事務所”，遇上了一名奇怪的少女愛麗絲（小倉唯配音）。愛麗絲看似是一個足不出戶的家里蹲，事實上她是個擁有高超技術的網絡黑客，真實身份是因綁架案失去記憶的天才少女紫藤菜花（小野大輔配音舊識），她通過破解網絡謎題追尋自身過往。因緣際會下，鳴海當上了愛麗絲的助手，逐漸發現事務所成員均背負著特殊傷痕卻執著于守護他人。隨著調查“拉面店幽靈”等委托事件的深入，鳴海在解救被困少年時展現出隱藏的行動力，并意外揭開了愛麗絲與十五年前未結懸案的關聯。曾經不希望和別人有過多來往的鳴海，最終在對抗跨國犯罪集團的過程中與尼特族偵探團建立羈絆，而愛麗絲也在真相揭露后選擇直面現實世界。