《秦時(shí)明月之萬里長(zhǎng)城》承接機(jī)關(guān)城崩塌后的故事，墨家殘余勢(shì)力轉(zhuǎn)入地下抗?fàn)帯Ｇ厥蓟试谕瓿闪鶉?guó)統(tǒng)一后，表面上營(yíng)造太平盛世幻象，實(shí)則借修筑萬里長(zhǎng)城與陰陽家共同打造巨型蜃樓船。該艦艇被渲染為通向仙山的方舟，實(shí)則承載著秦始皇追求長(zhǎng)生不老的核心機(jī)密。天明、少羽在蓋聶與衛(wèi)莊的護(hù)送下潛入儒家禁地，在此接受儒學(xué)教化并覺醒武學(xué)天賦。桑海城作為蜃樓建造基地，逐漸成為諸子百家明爭(zhēng)暗斗的漩渦中心：墨家隱秘勢(shì)力聯(lián)合流亡俠士策劃破壞工程，儒家內(nèi)部因理念分歧產(chǎn)生裂痕，陰陽家則以五行傀儡術(shù)維持工地秩序。隨著蜃樓竣工日期逼近，各方勢(shì)力的較量在儒家莊園爆發(fā)，天明少羽被迫提前結(jié)束隱居生活，在機(jī)緣巧合下獲得墨家機(jī)關(guān)術(shù)傳承。最終蜃樓如期出航時(shí)，主角團(tuán)已掌握其真實(shí)航線與秦始皇的永生陰謀，為后續(xù)諸子百家聯(lián)合抗秦埋下伏筆。