13歲的魔法少女琪琪帶著黑貓吉吉來到海邊城市進行修行，卻遭遇了人類世界的冷漠。當她歸還失物贏得面包店老板娘的信任后，開始以飛行魔法經營快遞服務。在幫助熱衷飛機制造的男孩湯瑪士時，琪琪因淋雨導致魔法能力衰退。隨著飛行速度減弱，她不得不暫停快遞工作陷入自我懷疑。在畫家烏爾斯拉的開導下，琪琪重新找回勇氣，最終通過營救被困在煙囪里的湯瑪士重拾飛行能力。經歷成長陣痛的魔女逐漸適應城市生活，帶著新領悟繼續修行旅程。