《新世紀福音戰士》劇場版第1部由"DEATH篇（死亡篇）"與"REBIRTH篇（新生篇）"構成。前者以TV動畫第1至24集為基礎，通過全新剪輯與原創畫面重構敘事。后者延續TV第24集劇情：在擊敗第十七使徒后，SEELE授權EVA初號機執行"人類補完計劃"，該計劃旨在通過強制融合全人類意識終結痛苦與分歧。但NERV司令碇元度基于個人目的（尋找妻子存在于補完計劃中的可能性）拒絕執行命令。SEELE認定其行為構成叛變，聯合戰略自衛隊對NERV總部展開清除行動。破曉時分的突襲造成大量人員傷亡，葛城美里為保護駕駛員采取緊急措施——安排精神崩潰的明日香搭乘二號機沉入湖底避難，同時試圖解救處于精神崩潰邊緣的碇真嗣。行動過程中，NERV設施遭受系統性摧毀，暴露出SEELE與NERV長期存在的理念沖突。