紐約市恢復平靜后，大反派施萊德（布萊恩·泰飾）秘密召集舊部，與外星惡勢力克朗結盟企圖稱霸地球。忍者神龜萊昂納多（皮特·普勞澤克飾）、拉斐爾（阿蘭·里奇森飾）、多納泰羅（杰瑞米·霍華德飾）和米開朗基羅（諾爾·費舍飾）與女記者艾蓓麗爾·奧尼爾（梅根·福克斯飾）、攝影師韋恩·芬威克（威爾·阿奈特飾）及義警凱西·瓊斯（斯蒂芬·阿梅爾飾）組成聯盟。在史萊德逃脫后，他與瘋狂科學家巴克斯特·斯通（泰勒·派瑞飾）及其助手豬面、牛頭合作，啟動維度武器企圖打開傳送門召喚克朗的軍隊。神龜們在與史萊德勢力周旋時，發現其背后正醞釀著來自異次元的更大威脅。通過團隊協作與街頭戰斗，四兄弟最終成功摧毀維度武器核心裝置，切斷了克朗的入侵通道。