繁華大都會美國紐約，邪惡領袖施萊德率領的大腳幫在城市內為非作歹，甚囂塵上。安保公司老板埃里克·薩克斯（威廉·菲德內爾飾）推出最新安保系統，發誓維護城市的和平。第6頻道女記者愛普爾·奧尼爾（梅根·?？怂癸棧┡既慌牡酱竽_幫被四名神秘俠客挫敗的畫面，在第二次遭遇非常事件時，她驚訝地發現四名俠客竟然是變異后的巴西龜：拉斐爾、列奧納多、米可朗基羅、多納泰羅。忍者神龜的名字勾起了愛普爾兒時的記憶，當年她的父親與薩克斯正是研究生物變異實驗的伙伴。她將這個消息告訴給薩克斯，可是在和忍者神龜及其老師斯普林特會面后，才發覺薩克斯與施萊德是這座城市內的罪惡之源——兩人曾通過非法實驗制造變種生物以牟取暴利，廢棄下水道中的變異設施最終被忍者神龜摧毀。在愛普爾協助下，四兄弟與斯普林特揭露了薩克斯的安保系統實為控制城市的武器，通過正面對抗終結了施萊德的陰謀。戰后紐約恢復平靜，忍者神龜選擇繼續守護城市安全。本片根據同名經典漫畫改編。