在已被徹底探索殆盡的世界里，名為“深淵”的大洞是碩果僅存的秘境。這個深不見底、不知會延伸到何處的巨大垂直洞穴中，不僅棲息著各種稀奇古怪的生物，還沉睡著現今人類所做不出來的珍貴遺物。“深淵”那處處充滿不可思議的神秘樣貌，吸引人們前仆后繼地前去冒險。漸漸地，大家開始將那些多次挑戰大洞的冒險者們稱為“探窟家”。孤兒莉可住在興建于深淵四周的城鎮“奧斯”，她夢想著將來要成為像她母親一樣偉大的探窟家，并一解深淵之謎。某天，她母親萊薩的白笛被人發現，讓莉可因此下定決心要潛入深淵的深處。她撿到的失憶機器人雷格，也為了尋找自己的記憶而決定與她同行。莉可在深界四層被穿珠的毒給侵蝕折磨，拯救她的是名叫娜娜奇的慘劇終末。娜娜奇加入之后，三個人便繼續前往彭多爾多所在的深界五層冒險。在那里，他們遇見了一個自稱普魯修卡的女孩。由彭多爾多撫養長大的她對外界一無所知。普魯修卡深深著迷于莉可的冒險故事，并希望能和莉可一起冒險，然而她卻慘遭彭多爾多利用來做實驗。不過后來普魯修卡改變形體，變成莉可的白笛，與她一同朝深界六層“不歸之都”前進。在那里有座“慘劇終末的村子”，那是擁有自己一套價值觀的慘劇終末們所生活的地方。