超星特工豬豬俠在執行任務時因意外留下心理創傷，仍堅持獨自潛入海底世界執行新任務。他在探索神秘海域時邂逅執著尋找哥哥的小豆芽，被對方的勇氣與信念打動后決定伸出援手。調查過程中兩人意外發現海洋生物大規模失蹤事件，逐漸揭開威脅海底世界和平的巨大陰謀——某神秘勢力通過非法裝置擾亂海洋生態平衡。為阻止危機擴散，豬豬俠克服心理障礙與物理屏障，聯合小豆芽及多種海洋生物展開行動。通過破解古代遺跡機關、修復生態裝置等系列冒險，他們成功摧毀幕后黑手的陰謀網絡。過程中豬豬俠不僅重拾團隊協作信念，更與小豆芽建立深厚羈絆。最終眾人合力恢復海洋生態秩序，失蹤的海底居民得以重返家園，而小豆芽也與失散多年的哥哥重逢。