導游顧嘉帶領游客參觀傳奇科學家杜芬奇故居時，意外啟動縮小對撞機，變成1厘米高的小人，在微縮世界經歷了一場奇幻冒險之旅。被迫與科學家后代杜小妮、發明家兄弟阿棟及機械師王喳喳組成特攻隊，四人需穿越精密儀器構成的奇幻生態，在齒輪運轉與電流風暴中躲避天敵威脅。為修復被意外縮小破壞的微觀平衡，團隊冒險進入對撞機核心區域，在量子風暴中啟動逆向程序。最終通過精密計算與協作，利用故居實驗室遺留的能源裝置完成復原實驗，重返正常尺度的世界。