在遭受網絡犯罪威脅的現代日本，國際駭客集團以"怪人二十面相"為代號展開大規模犯罪活動。名偵探明智小五郎與年輕助手共同追查案件，發現該組織通過高科技手段操控社會精英、竊取國家機密，并策劃引發全國性金融恐慌。在追蹤過程中，明智發現駭客集團核心成員與自己過往調查的跨國走私案存在關聯，其真實身份暗合江戶川亂步原著中"二十面相"的多重偽裝特性。面對虛擬空間與現實世界的雙重危機，明智通過破解加密數據鏈、識破生物識別偽裝系統等刑偵手段逐步逼近真相。案件最終以雙方在網絡戰與實體對抗中的終極較量收場，揭露了犯罪集團利用人工智能深度偽造技術顛覆社會秩序的完整計劃。