星元122年，在眾多企業(yè)擴(kuò)展至宇宙并構(gòu)筑巨大經(jīng)濟(jì)圈的時代，邊境地區(qū)水星的少女蘇萊塔·墨丘利轉(zhuǎn)入MS產(chǎn)業(yè)巨頭貝納里特集團(tuán)所屬的阿斯提卡西亞高等專門學(xué)園。懷揣母親遺言而來的蘇萊塔，隨身攜帶著胸口鮮紅閃爍的神秘裝置。作為搭載「覺醒系統(tǒng)」的高達(dá)駕駛員，她駕駛Aerial高達(dá)的能力逐漸引發(fā)多方勢力關(guān)注。貝納里特集團(tuán)副會長格蕾米婭通過「魔女狩獵」計劃意圖掌控蘇萊塔，而其母體機(jī)體的真相與「寂靜零號機(jī)」的威脅逐漸浮出水面。隨著普羅斯佩拉身份揭露與GUND研究所事件爆發(fā)，蘇萊塔在維護(hù)學(xué)園獨(dú)立性、保護(hù)同伴的過程中，最終選擇以非暴力方式化解企業(yè)軍事化矛盾。