這是一段攻殼機動隊成立前夕鮮為人知而又影響深遠的故事。2027年6月6日的一天，隸屬陸軍機密部隊501機關的真室中佐（宮內敦士配音）在鬧市街頭被人殺害，此前他曾陷入軍火買賣的賄賂丑聞不得脫身，他對死亡背后自然隱藏著無數謎團。陰雨之夜，試圖取回真室電子腦的公安9課課長荒卷大輔（塾一久配音）與生化人草薙素子（坂本真綾配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此時草薙還只是501機關負責網絡犯罪追查的軍人，此行她希望找到倍為尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。誰知，棺木中的中佐早已不見了蹤影。在此之后，她受到荒卷委托展開調查，并在一連串兇險追查的過程中與前特種部隊成員巴特（松田健一郎配音）和時為新濱縣刑警的陀古薩（新垣樽助配音）邂逅。撲朔迷離的案情，草薙一行被引向未知的彼方……本片根據士郎正宗的原作改編。