恐怖分子曾在教堂散播病毒導(dǎo)致俄羅斯東部城市消失。日本警視廳為防范類似災(zāi)難，邀請(qǐng)18歲天才黑客高木藤丸（三浦春馬 飾）協(xié)助調(diào)查。藤丸的父親原是案件負(fù)責(zé)人，卻因誤殺事件遭通緝，使父子與警方關(guān)系緊張。恐怖組織成員折原麻彌（吉瀨美智子 飾）偽裝成生物老師潛入藤丸高中，持續(xù)監(jiān)視其行動(dòng)。為保護(hù)妹妹遙的生命安全，藤丸被迫答應(yīng)恐怖組織要求，盜取發(fā)電廠管理員密碼。調(diào)查過程中，警視廳曾因百貨公司疑似病毒事件全城戒備，在藤丸確認(rèn)病毒為假后暫時(shí)解除危機(jī)，實(shí)則恐怖組織已啟動(dòng)真正計(jì)劃。隨著調(diào)查深入，藤丸通過黑客技術(shù)逐步揭露折原麻彌真實(shí)身份，并發(fā)現(xiàn)"Bloody Monday"關(guān)聯(lián)的病毒研發(fā)基地。最終藤丸聯(lián)合警方突襲恐怖組織據(jù)點(diǎn)，在千鈞一發(fā)之際阻止病毒擴(kuò)散，同時(shí)解救被劫持的妹妹并洗清父親罪名。