圣誕之夜，卡森共和國水企業(yè)與哈里曼達拉公司簽約大廈外爆發(fā)抗議活動。警察機動部隊突然對示威群眾實施無差別屠殺，事件背后浮現(xiàn)神秘病毒"火種"的蹤跡。草薙素子（坂本真綾配音）與公安9課成員在對抗不明敵人時，救下全身義體少女津田艾瑪（茅野愛衣配音）。經(jīng)調(diào)查發(fā)現(xiàn)其記憶存在異常，疑似關(guān)聯(lián)虛擬記憶恐怖活動。課長荒卷大輔（塾一久配音）頂住陸軍情報部壓力，命令草薙將艾瑪護送至501機關(guān)接受調(diào)查。任務(wù)過程中，草薙發(fā)現(xiàn)少女體內(nèi)存在雙重意識，并逐步揭露軍方掩蓋的真相——"火種"病毒實為通過義體網(wǎng)絡(luò)操控人群意識的生化武器，其源頭直指高層對社會控制的陰謀。艾瑪?shù)挠洃浰槠粌H牽涉病毒研發(fā)機密，更暗示著草薙自身作為改造人與軍方實驗計劃的隱秘關(guān)聯(lián)。公安9課在此事件中展現(xiàn)出獨立調(diào)查能力，為后續(xù)成立特殊部隊埋下伏筆。本片改編自士郎正宗原作，作為前傳"ARISE"系列第四部，完整呈現(xiàn)了賽博朋克背景下個體意識與系統(tǒng)操控的對抗主題。