為了制造適合陪伴人類的海洋伙伴寵物，海嘯女士率領靴子實驗室抓走比奇堡所有居民。海綿寶寶與松鼠珊迪·奇克斯為拯救家園突破重重阻礙，冒險前往人類世界。在得州荒野遭遇響尾蛇襲擊時，珊迪的家人及時出現化解危機，并護送二人抵達實驗室。通過潛入調查，眾人發現海嘯女士正利用生物技術復制海洋生物作為控制性寵物。海綿寶寶不幸被選為克隆實驗核心樣本，生命陷入危急狀態。珊迪借助家族科技力量與章魚哥、派大星、蟹老板等伙伴配合，在實驗室核心區域展開營救行動。最終通過破壞克隆裝置阻止了邪惡計劃，成功解救所有被困居民，并將實驗室改造成保護海洋生物的科研機構。比奇堡恢復往日平靜后，海綿寶寶與珊迪帶著人類世界的新認知返回家園。