航空自衛隊新人甘粕檜曾根因性格率直屢次傷人而身心疲憊，選擇以任期制自衛官身份在岐阜基地服役。某日被秘密隱藏于基地的外星生命體“瑪索丹”選中，成為可變形為戰斗機的OTF（變態飛翔生命體）操縱者。隨著與瑪索丹建立共生關系，檜曾根逐漸理解這個被日本政府收容的外星生命體實為維護國家空防的關鍵戰力——其存在本身既構成潛在威脅，又是對抗其他失控OTF及外星入侵的核心屏障。在接連應對異形生物襲擊、國際外交危機等事件中，她與隊友們發現瑪索丹族群與人類存有古老淵源，而自衛隊高層隱瞞的“星之子計劃”真相將最終決定人與OTF能否共存的命運走向。