在參拜母親墳墓的回程途中，真嗣（緒方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇第七使徒伊斯拉斐爾的攻擊，關鍵時刻明日香（宮村優子配音）駕駛2號機以壓倒性實力挫敗對手。與沉默寡言的綾波麗（林原惠美配音）不同，明日香自信張揚的性格令三人相處充滿沖突與笑料。他們分別駕駛零號機、初號機和2號機，接連抵御第八使徒薩比圖爾與第九使徒朗基努斯的襲擊，在殘酷戰斗中逐漸萌生微妙情感。真嗣在對抗第五使徒渚薰（石田彰配音）時因精神同步失控陷入暴走狀態，導致零號機狂暴化并造成綾波麗為阻止災難而犧牲。第十使徒加米艾爾以酸液形態突襲時，眾人采取分體戰術化解危機。隨著使徒接連降臨與同伴傷亡，真嗣對戰斗本質的質疑日益加深，而NERV內部的秘密計劃正逐步顯現。本片為福音戰士新劇場版四部曲第二部，延續了原作對人性、存在主義與救贖主題的探討。