哥斯拉突然從海底出現，在東海村登陸后對市內建筑群及核電站展開破壞。日本自衛隊雖以重型火力實施攔截，卻無法阻止其推進。危機管理情報局的官博士在茨城縣海溝探測到直徑200米的古代隕石，內部攜帶的未知有機體與哥斯拉釋放的能量產生反應后迅速增殖異變，最終生成擁有自我修復能力的巨型怪獸奧加。雙方在東京西新宿區域展開激烈對抗，哥斯拉憑借原子吐息與強韌體魄摧毀奧加再生組織，最終將其徹底消滅。戰斗結束后，哥斯拉在城市中留下巨大破壞痕跡后返回海洋，人類社會雖暫時解除危機卻仍籠罩于未知威脅的陰影之下。