故事發生在夏亞引領吉翁公國軍贏得一年戰爭的平行宇宙。這一歷史轉折點導致地球聯邦與吉翁公國的勢力格局劇變。在空中宇宙殖民衛星生活的女高中生天手讓葉，與難民少女尼婭安相遇后被卷入非法MS決斗競技“軍團戰”，她駕駛著神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中。該機體具備變形能力，可切換飛行器模式以適應多種戰斗場景。而被通緝的神秘MS“高達”駕駛員修司伊藤也出現在她們面前，其真實身份是執行破壞吉翁新型武器開發設施任務的聯邦軍情報局特工。自此，少女與少年在對抗體制壓迫的過程中逐漸理解彼此信念，在戰火中締結深厚羈絆，駕駛各自機體的他們最終聯手擊潰了企圖掌控“軍團戰”地下組織背后的吉翁殘黨勢力，為宇宙世紀開啟了新的未來。