《相棒Pre-Season》以警視廳特命組原型案件為背景,通過三集獨立單元劇展開。第一話"刑警殺害警察事件"(2000年6月3日)中,警視廳內部調查科刑警涉嫌槍殺同僚,在勝部演之飾演的警務官主導調查下,揭露了警察系統內部權力斗爭與腐化黑幕。第二話"連環割喉殺人案"(2001年1月27日)聚焦生瀨勝久飾演的連環殺手,其模仿二十年前未結懸案作案手法引發社會恐慌,最終通過DNA鑒定技術突破鎖定真兇。第三話"大學醫院助教墜樓案"(2001年11月10日)圍繞伊藤裕子飾演的醫學界新星死亡展開,隨著東根作壽英扮演的心外科權威涉案,逐漸牽出器官移植黑市交易與學術造假丑聞。全季通過寺脅康文飾演的杉下右京嚴謹推理,展現其早期職業生涯中對體制痼疾與人性陰暗面的深刻認知。