三年前太空飛船獵戶號(hào)墜毀學(xué)園都市，由此引發(fā)了嚴(yán)重的慘劇，而該事件也促成宇宙電梯恩底彌翁（Endymion）的建設(shè)。在恩底彌翁接近完工的前夕，上條當(dāng)麻（阿部敦配音）和茵蒂克絲（井口裕香配音）揭示了熱愛歌唱的少女鳴護(hù)亞麗莎。心懷夢想的亞麗莎經(jīng)過不斷的修業(yè)和努力，終于得到了試鏡的機(jī)會(huì)，并有可能在恩底彌翁落成的慶祝活動(dòng)中演唱。這一晚，當(dāng)麻、茵蒂克絲和亞麗莎在夜歸途中遭到史提爾率領(lǐng)的魔法師們的攻擊。而學(xué)園都市秩序維持部隊(duì)的介入，無疑標(biāo)志著魔法側(cè)和科學(xué)側(cè)全面戰(zhàn)爭即將爆發(fā)。亞麗莎體內(nèi)隱藏著與圣人遺愿相關(guān)的特殊力量，其歌聲能引發(fā)奇跡現(xiàn)象。最終當(dāng)麻通過揭示亞麗莎作為圣人意志載體的真相，聯(lián)合科學(xué)側(cè)與魔法側(cè)殘存勢力阻止了戰(zhàn)爭，并以"恩底彌翁的奇跡"化解雙方?jīng)_突。本片根據(jù)鐮池和馬（創(chuàng)作）、灰村清孝（插畫）的輕小說改編。