2262年，地球聯(lián)盟軍官伊麗莎白·洛克利接任巴比倫5號空間站指揮官。該站逐漸成為逃離心感軍團迫害的非法心靈感應者的庇護所，引發(fā)與地球政府的緊張關(guān)系。納恩前大使蓋卡因在納恩-星際戰(zhàn)爭期間所著回憶錄的出版意外成為精神領(lǐng)袖。同時，曾與影族結(jié)盟的德拉克人通過寄生生物"看守者"控制了星際聯(lián)盟成員國半人馬星的攝政王維里尼，挑撥其與星際聯(lián)盟的關(guān)系。在德拉克陰謀下，納恩與德雷茲星艦對半人馬主星造成毀滅性打擊。洛多·莫拉利被推舉為皇帝，被迫接受德拉克看守者以保全星球。根據(jù)劇中多次閃現(xiàn)的預知幻象，十六年后洛多與蓋卡在互相殘殺中死去，實為德拉克看守者蘇醒后扼死蓋卡。洛多忠誠的助手維·科托繼任皇位，成功擺脫德拉克控制。謝里丹與戴蘭婚后將星際聯(lián)盟總部遷往米諾巴星，蓋卡離開空間站尋求自我救贖，加里巴爾迪在火星定居。十九年后謝里丹病危時重返即將退役的巴比倫5號，在與初代種族接觸后神秘消逝，其存在被確認已隨空間站的爆破而終結(jié)。劇終出現(xiàn)編劇斯特拉琴斯基扮演的技術(shù)員關(guān)閉空間站燈光的客串鏡頭。