知名舞臺劇女演員牧樹里收到怪盜基德的預告信，聲稱要奪取象征"命運"的寶石。毛利小五郎分析后判斷作案時間鎖定在劇場演出最后一晚，警方與柯南等人當晚嚴密布防。出人意料的是基德化身工藤新一現身，但寶石并未失竊?？履贤ㄟ^字母預告信破解出新的目標地點——載有牧樹里、其劇團成員及柯南一行人的北海道航班。當飛機穿越云層時，精心策劃的連環殺人案悄然展開：兇手利用高空缺氧環境制造密室假象，試圖通過劫持寶石達成私人復仇。柯南在識破機械師偽裝的兇手真面目后，與駕駛艙內的基德展開博弈。最終通過機載設備反制兇手的毒氣裝置，揭露寶石實際藏有救命藥物的關鍵信息。案件告破時基德在云層間劃出柯南標志性的滑翔軌跡，將寶石物歸原主。